Phantom Bullet Arc (Episode 1 – 14) :
1 tahun setelah insiden SAO, Kirito didatangi oleh Seijiro Kikuoka dari Kementerian Dalam Negeri dan Komunikasi Departemen “Divisi VR” Jepang dengan permintaan yang agak aneh. Terkait penyelidikan pada “Death Gun” insiden yang terjadi dalam game VRMMO yang disebut Gun Gale online (GGO). “Pemain yang ditembak oleh seorang avatar misterius dengan pistol hitam akan kehilangan nyawa mereka bahkan di dunia nyata …” Gagal menolak permintaan aneh Kikuoka itu, Kirito masuk ke dalam GGO meskipun ia tidak sepenuhnya yakin bahwa dunia maya bisa secara fisik mempengaruhi dunia nyata.
Calibur Arc (Episode 15 – 17) :
Setelah berhasil menyelesaikan kasus di GGO, Kirito kembali mengkonversi karakternya ke ALO. Sinon pun ikut bersamanya dan bermain di ALO. Suatu ketika Kirito dan Leafa menemukan Quest pedang Excaliber. Salah satu pedang terkuat di ALO. Demi menyelesaikan quest dan mendapatkan pedang itu. Kirito dan kawan-kawan membentuk party yang terdiri dari para mantan pemain SAO kecuali Agil dan Sinon sebagai tambahan.
Mother Rosario Arc (Episode 18 – 24) :
Dalam permainan ALO muncul sebuah karakter baru yang bernama “Zekken”. Karakter tersebut sangat kuat dan disebut-sebut sebagai Pedang Absolut. Bahkan karakter ini berhasil mengalahkan KIRITO sang pemain terkuat di SAO. Asuna menduga bahwa pedang absolute berasal dari SAO karena karakter tersebut sangat kuat. Namun, ternyata hal tersebut salah. Lalu dari manakah sebenarnya sang “pedang absolute” berasal? Mengapa sang pedang absolute melakukan transfer ke ALO?
